在2025賽季足協杯第3輪，三支出戰的中超球隊有不同的表現，浙江隊順利晉級，武漢三鎮則被淘汰出局，連續2個賽季足協杯一輪遊。

2025賽季的足協杯共有64支球隊參加，其中16支中超球隊在第三輪才出戰，分別對陣低級別球隊。按照規則，中超球隊在對陣中甲球隊時，最多允許3名外援出場，而在對陣中乙球隊時，華裔入籍球員可以出場，外援、港澳台以及非華裔入籍球員無法出場。

值得一提的是，在第二輪，南通支雲被中乙球隊無錫吳鉤淘汰。除了無錫吳鉤之外，廣州蒲公英、廣西恒宸、貴州築城競技三支中乙球隊也淘汰各自對手晉級。

在第三輪首個比賽日，廣州蒲公英主場對陣浙江隊，王鈺棟第20分鍾打入足協杯處子球，浙江隊最終以1比0的比分戰勝廣州蒲公英後晉級。遺憾的是，王鈺棟此役因傷退場。

陝西聯合主場對陣武漢三鎮，客隊派出全華班，而陝西聯合則派上兩名外援。比賽的第16分鍾，鍾晉寶吊射破門，為武漢三鎮首開紀錄。比賽的第48分鍾，阿卜杜瓦哈普小角度頭球衝頂破門，達爾法盧第59分鍾再入一球，陝西聯合最終2比1逆轉戰勝武漢三鎮。

武漢三鎮成為本賽季第一支被淘汰出足協杯的中超球隊，連續2年足協杯首戰就被淘汰出局，而陝西聯合則成為第一支晉級足協杯16強的中甲球隊。

中乙球隊廣西恒宸主場對陣梅州客家，季勝攀為梅州客家首開紀錄，但郭梓承第30分鍾為廣西恒宸扳平比分。比賽的第72分鍾，高翊軒遠射被孫健祥封出，黃雍海補射破門，2比1！

最終，廣西恒宸逆轉戰勝梅州客家之後晉級16強，成為本賽季第一支晉級足協杯16強的中乙球隊。

在第三輪比賽全部結束之後，足協杯將再次進行抽簽，決定餘下輪次的對陣以及主客場安排。